Musa Dağı denilen yer, Akdeniz kıyılarının kuzeydoğusunda İskenderun limanı yakınlarında bulunuyordu. Buradaki Ermeniler kendi hallerinde yaşar ve farklı düşünürlerdi. Savaş öncesinde askeri birlikler halinde hazırlanmışlar, Balkan harpleri sırasında Osmanlı ordusunda çarpışmış Ermeniler tarafından talim görmüşlerdi. İletişim ve malzeme yolları askeri hassasiyetle hazırlanmıştı. Neredeyse 900 Ermeni savaşçı bulunuyordu; bunları 1.000 kadar yaşlı ve gençlerden müteşekkil yedek güç destekliyordu. Onlara en azından 60 tane Osmanlı ordusundan kaçmış Ermeni katılmıştı. Savaş başlamadan önce, ordu kalitesinde mühimmat depolamışlardı. Barikatlar kurmuş, hendekler açmışlardı.
Ağustos 1915’deki ilk çarpışmalarda bu Ermeni gücü Osmanlı kuvvetlerini yenilgiye uğrattılar. Türk askerleri kayıplar verdi ve kaçarken silahlarını da bıraktılar. Fakat bu askerler yeniden toparlanıp, asileri barikatlardan söküp atmaya başladılar. Devam eden mücadele sert geçti; birçok köyde karşılıklı çatışmalarla sürdü. Asilerin yenilmesinde en önemli unsur Osmanlı silah üstünlüğü oldu.
Takviye edilmiş köyler ele geçirildikçe kaçmayan yerli halk, sevk edilmek üzere toplu halde bekletildi. Fakat Ermenilerin büyük kısmı Musa Dağı’ndaki bir savunma sahasına kaçtılar. Ağustos sonunda oradakiler de yenilgiye uğratıldı. Sağ kalabilenler deniz kenarına kadar savaşarak kaçtılar ve oradan Fransız gemileriyle Mısır’a götürüldüler.
Ermenilere katliam yapıldığı haberleri üzerine incelemeye gelen Osmanlı askeri komisyonu, bunun gerçekliğini saptadı. 500 asker ve bilinmeyen sayıda asi ölmüştü. Musa Dağı isyanı kargaşa içinde vuku bulmamıştı. Dikkatli hazırlanmış ve yönetilmiş olması asilerin Osmanlı ordusuna karşı dayanabileceklerini düşünecek kadar bilgi yoksunu olmadıklarına işaret ediyor. Muhtemelen, İtilaf Güçlerinin istilasına kadar dayanabileceklerini hesaplamışlardı. Mücadele süresince Fransız savaş gemileri İskenderun Körfezinde devriye gezmişlerdi. Gemilerden inen Fransız ajanları asilere taktik vermişlerdi. Görüleceği üzere Ermeni grupları Kilikya’yı İngiliz güçlerinin işgal etmesini tavsiye etmişlerdi. Fakat İtilaf güçlerinden kendilerine yardım gelmedi, demek ki Musa Dağı Ermenileri kendilerini boşuna feda etmişlerdi.
Musa Dağı’ndaki isyan Kilikya’nın İngilizler tarafından işgali sırasında İngilizlerle işbirliği için hazırlanmıştı.