Aynı zaman diliminde gerçekleşen Ermenilerin ölümleri gibi, Müslümanların ölümü de çoğunlukla göç sırasında meydana geldi. Birinci Dünya Savaşı sırasında, Doğu Anadolu’da Müslüman mültecilerinin barınması için hiçbir kamp kurulmamıştı. Devletin Muhacirin Komisyonu mültecilerin yaralarını sarmak için elinden geleni yaptı, fakat kendi ordusunu giyindirmekten aciz olan bir devlet bir milyon mülteci için ne yapabilirdi? Üstelik Doğu’dan gelen mülteciler, Anadolu’nun aşılması en zor arazilerinden geçtiler. O bölgede ne yeterli yol ağı ne de tren vardı. Mülteci alan yerlerin çoğuna at sırtında veya yük hayvanları vasıtasıyla ulaşılabilirdi. Eğer yiyecek olsaydı bile, taşıma imkânları sadece çok azının yanlarına eriştirilmesine imkân tanıyordu.
Anadolu haritasına bakıp bölgelerinin ekonomik durumu göz önüne alındığında Van, Erzurum veya Bitlis’ten gelecek sığınmacıların nakil vasıtalarına, yaşam merkezlerine veya ekmeye elverişli tarlalara erişene kadar uzun yollar kat etmeleri gerektiği fark edilebilir. Bu yolculuğu başarmak o insanların çoğu için imkânsızdı.
Birinci Dünya Savaşı sırasında Doğu Anadolu cephesinde ve onu takip eden Türk-Ermeni Savaşı sırasında hareket halinde o kadar çok halk yığınları vardı ki, o zamanın anlatımları sanki Doğu Anadolu ve Güney Kafkasya’daki tüm insanların göçe çıktığı izlenimini uyandırmaktadır. Gerek Müslüman gerekse Ermeni olan, Doğu Anadolu’nun insanlarının çoğunluğu ya öldüler ya da evlerinden ayrılmaya zorlandılar.
Rus İhtilalinin Emperyalist Rusya’yı yıktığı dönemde, Müslümanlar Ermeni Cumhuriyetinde gördükleri işkence sonucunda kaçtılar. Ayrıca Kafkasya’daki Ermeni-Türk çekişmesinden ve Gürcistan, Ermenistan ile Azerbaycan Cumhuriyetleri arasındaki iç çatışmalardan da kaçtılar. Müslüman mültecilerin çok azı askerdi; çoğunluğu savaşa katılmamış, sığınacak yer arayan Türklerdi.
Kafkasya’dan kaçıp gelen Müslüman mülteciler genellikle, önce Kars iline geldiler. Orada da sıklıkla, bir kez daha Ermeni (ve bazen de Rum) çetelerin hücumuna uğradılar. Kâzım Karabekir’den Teğmen R.S. Dunn’a, Erzurum’dan, 30 Haziran 1919 ve 15 Ağustos 1919’da yazdıklarına göre: En sık görülen saldırı biçimi talandı; ineklerle taşınabilir malları mültecilerin elinden alınıyordu ve bu insanlar açlıktan ölmeye terk ediliyorlardı. Sarıkamış’ta ise, malları alındıktan sonra hemen öldürüldüler.